全书分为两卷，第一卷着重批判经院哲学的观点，提出了著名的四假象说，主张人应该是自然的解释者，只有认识并发现了自然的规律，才能征服自然，变自然的王国为人的王国。第二卷论述了归纳方法，为归纳逻辑奠定了基础。
在《新工具论》中，培根提出，自然中真正存在的东西，都是按照一定规律运动的个体，哲学的目的就是研究这种规律，思想上得到真理，行动中得以自由。