前因

1、桓温擅权：权臣桓温“挟天子以令诸侯”。

2、会稽擅权：会稽王司马道子父子瓜分皇权，祸乱朝纲。

3、王恭起事：青兖二州刺史王恭不满会稽擅权，领兵起事。

4、孙恩之乱：东晋末年民变。

公元402年，权臣桓玄攻破建康，诛杀擅权的司马道子、司马元显父子，次年建立桓楚政权。史称“桓玄之乱”。桓玄之乱的爆发，朝廷不仅无力抵抗，东晋政权也差点断送在桓玄之手。

其实桓玄之乱早有伏笔。

因为这次的桓玄之乱，其实是桓氏家族在东晋时期的第二次崛起。

桓氏的第一次崛起，是晋废帝、简文帝在位时，权臣桓温长达三十年的擅权。但后来桓温遭受谢、王两个世家大族的抵制，篡位失败，桓氏自此没落。

而这次桓玄之乱的主人公桓玄，便是由桓温的儿子起事。

桓玄为什么要起事？

因为桓玄的不满之心早已有之。

桓温逝世之后，桓氏虽未被诛族，却自此一蹶不振，桓玄的仕途也受到了影响。

其一，桓玄虽袭桓温爵位，是为南郡公（今湖北省荆州一带），但并未有任何实权。

朝廷也因桓温之故，对桓玄颇有微词，在桓玄二十三岁时，才任他为太子洗马（掌管图籍的官员），随后几年，又让他出任义兴太守（今江苏省宜兴市）。

这两个高不成低不就的官职，让桓玄极度不满，辞官回到南郡。

其二，桓玄为谋求高位，进京面圣，与当朝权臣司马道子有一番对谈。席间，司马道子语带讽刺，问桓玄怎么看待桓温晚年意图篡位之事，这让桓玄极为气愤，好在旁有谢重帮忙打圆场，司马道子这才停止追问。

此后，桓玄意识到自己不只不被当朝接纳，还要背负着他人的偏见度过一生，他便开始集结党羽，密谋反叛，坐等起兵的时机。为此，他一面讨好荆州刺史殷仲堪，一面加入当时东晋爆发的“王恭起事”。

王恭起事，是青兖二州刺史王恭以“清君侧”为由，所爆发的一场战事。王恭因不满司马道子心腹王国宝为所欲为，祸乱朝纲，于是出兵征讨。没想到，王恭却被部属刘牢之背叛，兵败身故。加入这场乱事的桓玄则被朝廷招安，担任江州（今江西省南昌市）刺史。

后来，孙恩之乱爆发，桓玄趁机出兵。朝廷防不胜防，便让桓玄攻下荆雍（今湖北省）二地。

桓玄为何选择西取荆雍，而不是向东直接攻入建康呢？

首先，当年桓玄之父桓温便是在荆州发迹的，对桓玄来说，荆州就是自己的老家，于是，他决定首先获取整个荆州地带，再向建康进攻。这也是为什么他一直在想办法拉拢荆州刺史殷仲堪。

其次，桓玄与雍州刺史杨佺期素来不合，桓玄认为自己一旦起事，第一个前来阻挠的必定是杨佺期，因此杨佺期是桓玄首要除去的敌人。

桓玄的起事，杨佺期首先获得消息。杨佺期想与殷仲堪联手击退桓玄。不料，当时荆州爆发水患，殷仲堪疲于处理，难以应付，殷仲堪又与杨佺期配合不周，一心想保住即将失守的荆州，桓玄趁机灭掉两人军队，准备攻取建康。

这时，东晋朝廷唯一能依靠的，就只有刘牢之的北府军队。没想到，刘牢之分析其中利弊，认为帮助形势颓危的东晋，自己未必能获得好处，于是向桓玄倒戈。

桓玄便在刘牢之的庇荫下，成功进入京城，除掉司马道子与司马元显父子。此后，桓玄更是逼迫晋安帝禅让，建立大楚，改元永始，完成父亲桓温没有完成的大业。

不过，桓玄还没有坐稳皇位，便立即遭到了反攻，而反攻桓玄的，是刘裕率领的北府军。

当时刘牢之虽归顺桓玄，但是桓玄一直担心刘牢之谋反，打算害死他。

刘牢之听到消息后，想命北府军攻打桓玄，北府军却认为刘牢之先后背叛王恭与桓玄，毫无信用可言，不愿听从号令，刘牢之便无路可退之际，自杀身亡。

此时，刘牢之底下的寒门武将刘裕，受到北府军的拥戴上位。

虽然桓玄对刘裕极为礼遇，但刘裕认为桓玄有一天也会从自己手中夺去兵权，于是决定率领北府军，攻打桓玄。北府精军受到刘裕的精神感染，奋勇杀敌，在覆舟山一役中，刘裕身着轻装，命士兵伪装老弱残兵，迷惑楚军，遂在楚军以为必胜之余，挥军反击，战胜桓玄，收复建康。这场战争如淝水之战一般，是以寡胜强的反转之役，除了瓦解桓楚政权，也让刘裕成为东晋唯一一位寒门权臣。

后果

1、刘裕篡晋：北府将领刘裕崛起，灭桓篡晋。

2、卢循之乱：东晋末年民变。

结论：桓玄攻破建康，自立为帝，若不是刘裕崛起，桓玄便能倾覆东晋政权，改变历史进程。